分子動力学

AmberTools13をCentOS 6.4にインストール

AmberTools13を以下の場所からダウンロードしてきてインストールしました。名前や所属等を聞かれますがすぐにダウンロードできます。古いバージョンが欲しい場合は下にリンクがあります。http://ambermd.org/ http://ambermd.org/AmberTools-get.htmlやり方…

Pymol 1.6 alpha1をソースコードからインストール

pymol 1.6をソースコードからインストールしてみました。ダウンロード先:PyMOL Molecular Graphics System download | SourceForge.netバイナリはシュレディンガーという会社が商用化しているみたい。アカデミックはバイナリでも無料。 PyMOL | www.pymol.o…

溶媒分子構造作成ソフトウェアpackmolのインストール

MD計算の際に、水やエタノール等の溶媒ボックスの初期構造を作成するにはpackmolが便利です。 packmolはブラジルのJosé Mario Martínezらが作成した分子構造作成ソフトウェアです。Fortranで作られています。小さな分子をランダムに生成して均一溶媒のMD計算…

charmm37 GPUをintelコンパイラでインストール

今度はintelコンパイラでインストールしてみます。ifortを付けるだけかと思いきやすんなりいかなかったのでログ。「Charmm37をGPUバージョンでインストールしてみた(コンパイルまでのエラーの対処法)」 http://d.hatena.ne.jp/leetmikeal/20130204GNUで通…

Charmm37をGPUバージョンでインストールしてみた(コンパイルまでのエラーの対処法)

I wrote charmm 37 installation into GPU machine in Japanese. Installation was almost succeeded with some warning. But it's not completely work executable file such as PARAllel statement warning. I can write and read easy English also. If y…

Pythonでlife timeを解析

life timeというのは生存時間と訳できる。つまりある一定の数値域に「どれくらいの長さ」居るかということを測ります。この解析結果は「どの数値域」かという定義に依存します。 # time value 0 3 1 2 2 3 3 1 4 0 5 1 6 4たとえばこういうデータがあったと…

Graceをソースからインストール(M*tifではまる)

Graceをソースからインストールしてみました(バージョンは5.1.22)。Webサーバーやらいろいろ入ってるので基本的なライブラリは既に入ってるはずでしたがconfigureでエラーが発生。 configure:18181: error: M*tif has not been foundそういえばこのエラー…

グラフ作成plotツール「Grace」で画像をコマンド

分子動力学計算ソフトGromacsはグラフ作成ソフトGraceに対応しているので、エネルギーの結果などを以下のコマンドでGraceに投げると簡単にグラフを作成してくれます。Grace 公式サイト RedHat系ならyumで簡単にインストールできます。コマンドラインはgrace…