分子動力学計算ソフトウェアGromacsのバージョン4.6から、従来のconfigure&makeではなくて、cmakeのみの対応となったようです。
ここに僕のやり方を残しておきます。
参考:GROMACS 4.6 Installation Guide
Installation Instructions - Gromacs
Gromacsダウンロード:Downloads - Gromacs
※CMakeは2.8以上がインストールされていないと警告が出ます。
CMake Error at CMakeLists.txt:35 (cmake_minimum_required): CMake 2.8 or higher is required. You are running version 2.6.4 -- Configuring incomplete, errors occurred!
Scientific Linux 6.3では、CMakeはyumでインストールすることができなかったので、ソースからインストールしました。
コンパイルの手順は以下のようになります。
wget ftp://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-4.6.1.tar.gz tar xzvf gromacs-4.6.1.tar.gz cd gromacs-4.6.1 mkdir build cd build CC=icc CXX=icpc cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/gromacs-4.6.1 -DGMX_DEFAULT_SUFFIX=OFF -DGMX_THREAD_MPI=ON -DGMX_MPI=ON -DGMX_OPENMP=ON -DGMX_DOUBLE=ON -DGMX_FFT_LIBRARY=fftw3 -DFFTW_INCLUDE_DIR=/usr/local/fftw/include -DFFTW_LIBRARY=/usr/local/fftw/lib/libfftw3.so
自分の場合、何故かWarningが。しかし一応、makefileは容易できた模様。
CMake Warning at CMakeLists.txt:928 (message): The fftw library found is compiled without SIMD support, which makes it slow. Consider recompiling it or contact your admin (省略) -- Configuring done -- Generating done -- Build files have been written to: /usr/local/src/gromacs-4.6.1/build
つづき。
make make install cd /usr/local/ ln -sfn gromacs-4.6.1 gromacs vi /etc/bashrc
例によって/usr/localにリンクを貼ってバージョン管理しています。もし新規インストールの場合は/etc/bashrcに以下のコードを追加して終わり。
# gromacs source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC.bash