pymol 1.6をソースコードからインストールしてみました。
ダウンロード先:PyMOL Molecular Graphics System download | SourceForge.net
バイナリはシュレディンガーという会社が商用化しているみたい。アカデミックはバイナリでも無料。
PyMOL | www.pymol.org
ソースをダウンロードして、解凍するまで。
tar jxvf
INSTALLを見てみると、やり方が書いてある。
python setup.py build install --home=~ ~/bin/pymol
ということで、同様にコマンドを打つ。
python setup.py install --home=/usr/local/pymol-1.6
しかし、やってみるとエラー。glutもしくはfreeglutがないということか。
Traceback (most recent call last): File "setup.py", line 231, in <module> glut = posix_find_lib(['glut', 'freeglut'], lib_dirs) File "setup.py", line 64, in posix_find_lib raise IOError('could not find any of ' + str(names)) IOError: could not find any of ['glut', 'freeglut']
yumでインストール。(ソースからインストールしてもエラーが消えず。この原因究明はまた今度。)
yum install freeglut freeglut-devel
またpython setup.pyをする。でもエラー。
In file included from layer1/FontGLUT.c:19: layer0/os_gl.h:30:20: error: GL/glew.h: No such file or directory
今度はglewがないということなので、yumでインストール。
yum install glew glew-devel
再度python setup.py。
こんどはうまくいったみたい。
creating /usr/local/pymol-1.6.a1/bin copying pymol -> /usr/local/pymol-1.6.a1/bin
リンクとパスを貼って終了。
cd /usr/local ln -sfn pymol-1.6.a1 pymol
vi /etc/bashrc
# pymol export PATH=/usr/local/pymol/bin:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/pymol/lib64:$LD_LIBRARY_PATH
再ログインしたら、pymolで起動します。