life timeというのは生存時間と訳できる。つまりある一定の数値域に「どれくらいの長さ」居るかということを測ります。この解析結果は「どの数値域」かという定義に依存します。 # time value 0 3 1 2 2 3 3 1 4 0 5 1 6 4たとえばこういうデータがあったと…

簡単な解析はワンライナーでやっちゃおう。ということでまずは簡単に最小値と最大値と平均を求めるAwkワンライナーを書きます。たとえば以下のようなログファイルがあるとする。僕はいま、3列目の数値に対して統計値を出したいのだ。 0 0 147.086 0 10 141.2…

Graceをソースからインストールしてみました（バージョンは5.1.22）。Webサーバーやらいろいろ入ってるので基本的なライブラリは既に入ってるはずでしたがconfigureでエラーが発生。 configure:18181: error: M*tif has not been foundそういえばこのエラー…

ある解析値の時間変化を出して、それぞれをpasteコマンドやjoinコマンドを使ってつなげることがよくあります。しかし、その時間スケールがそれぞれの結果で合わないとき、たとえば、一方は1000行までしかないのにもう一方は2000行まである時があります。そこ…

原文：Gromacs Manuals - g_analysis 導入 g_analyzeはANCII形式のファイルを読み込んでその中のデータを解析します。入力ファイルに書かれた行の最初の列は"時間"の列として読み込みが開始され（-timeオプション参照）、その他の数値がデータ群として後に続…

Gromacs使っていても使っていなくても、g_analyzeが数値解析や統計に使えることがわかったのでこれからバンバン使っていこうと思いマニュアルを訳してみました。Gromacsのマニュアルは割りと充実しているので-hオプションを使ってヘルプを見れば大体のことが…

よくプログラミングの勉強を始めようとする人から、「まずどのプログラム言語を勉強したらいいの？」という声を良く聞くのですが、多くの人と同じように僕も独学でやみくもに勉強してきたクチなので、非常に答えづらい質問であります。「何をしたいかによる…

Pythonで最小値を求めるスクリプト。想定しているデータはこんな感じ。 0 2.87604 2.9828 3.19203 3.6073 3.90156 4.23807 4.24807 3.86984 3.51134 1 2.80487 2.90396 3.15443 3.5649 3.83633 4.19816 4.25518 3.88051 3.54163 2 2.78178 2.87611 3.13413 3…

Pythonは豊富な科学技術計算ライブラリが含まれています。その中の一つに相関係数を計算するものがあったので使ってみました。驚いたのは、処理が早いこと早いこと。10000組２変数の相関係数を一瞬で出してくれました。numpyモジュールの中のcorrcoefという…

分子動力学計算ソフトGromacsはグラフ作成ソフトGraceに対応しているので、エネルギーの結果などを以下のコマンドでGraceに投げると簡単にグラフを作成してくれます。Grace 公式サイト RedHat系ならyumで簡単にインストールできます。コマンドラインはgrace…