モジュール（プラグイン、パッケージともいうのかな）を利用するpythonスクリプトを配布する際に、それを実行する前にパッケージが使えるかどうかをチェックしてあげると親切ですね。python自体が出すエラーでも分かる人にはわかるのですが、きちんとしたス…

超シンプルな再帰処理のサンプルです。Fortran90ではrecursiveをつける必要があります。C言語とC++は再帰の方法に違いはありませんが、念のため。recursion.f90 program main implicit none integer :: i = 0 call recursion(i) end program main recursive …

fortran90のポインタの使い方がよくわかっていないので、テストプログラムを作成して実証してみる。2つのファイルを用意して、モジュールのprivateな変数の演算結果をサブルーチンの引数を通して取得できるかテスト。main.f90 program main use calc implici…

古いpythonをインストールする必要があったので、2.6をインストールしました。自分のホームフォルダにインストールしています。ダウンロード先：Python 2.6.8 Release | Python.org mkdir -p ~/apps/src cd ~/apps/src wget http://www.python.org/ftp/pytho…

GitHubを使い始めました。プライベートなリポジトリを作成するにはお金を払えば可能のようですが、今は簡単なスクリプトでお試し中です。https://github.com/leetmikeal使うための最初の作業をざっとまとめると GitHubに新規登録 sshクライアントで公開鍵を…

subversionを最初に使ってはまったエラー。checkoutはできるのにcommitしようとした時にエラーが発生。 Transmitting file data .svn: Commit failed (details follow): svn: Can't open file '/var/svn/repos/db/txn-current-lock': Permission deniedデー…

Fortran90で任意のファイル名(文字列)から拡張子を取得するサブルーチンを作りました。ちょっとだけググってそれらしいものが無かったので。モジュールの形にして別ファイルにしています。extension.f90 module m_extension implicit none public parse_file…

よく言われているように、FortranではC言語とは違い第1次元目が先にループするので、メインメモリからレジストやスタックに呼び出される際の効率の問題から（この辺、まだよくわかってません）、For文で計算する際は気をつけなければいけません。それでどれ…

Fortran90で乱数を使用するサンプルプログラムです。乱数の種（random seed）の設定方法が少しわかりづらかったので、微妙に条件を変えて3通りやってみました。ちょっと変に思ったのは、seedが配列である必要があること。random_seed関数でnrandにサイズを代…

Fortran90でmoduleを使ってみました。Makefileもあります。 注意としては、最後に実行ファイルをコンパイルする際に、モジュールのオブジェクトファイル.oも一緒にリンクしないといけないという事です。そうしないと、 undefined reference to `matrix_mp_pr…

Fortran90のテストプログラムです。配列をサブルーチンに受け渡す方法と、メモリの動的確保の方法を整理するために簡単なテストプログラムを作りました。 簡単なプログラムなのでコメントはありません。 適当な2次元配列をセットするset_matrixとプリントす…

pymol 1.6をソースコードからインストールしてみました。ダウンロード先：PyMOL Molecular Graphics System download | SourceForge.netバイナリはシュレディンガーという会社が商用化しているみたい。アカデミックはバイナリでも無料。 PyMOL | www.pymol.o…

注）LinuxのディストリビューションはRed Hat系（CentOS、Fedora、Scientific Linux）を想定しています。Virtual BoxにLinuxをインストールしたら、いつもアップデートしてGNUコンパイラやカーネルソース等を入れています。 yum install check-update yum in…

ソースダウンロード先：Google Code Archive - Long-term storage for Google Code Project Hosting.gitの1.8.2.1をソースからコンパイルする際にエラーが発生しました。 make[2]: `GIT-VERSION-FILE' is up to date. GEN git-instaweb SUBDIR git-gui SUBDI…

yumコマンドでインストールする際にものすごく遅い時があったので、国内サーバーに取得先を変更した。使用したのは北陸先端科学技術大(JAIST)のサーバー。めちゃ早くなった。 Index of /pub/Linux/scientificvi /etc/yum.repos.d/sl.repo [sl] name=Scientif…

pythonのプラグインをインストールする際にまず必要となるsetuptoolsをインストールする際にエラーが出てしまい、進めませんでした。setuptools 36.5.0 : Python Package Index [FAQ]PythonのDistributeのインストールに失敗する - 合同会社フィールドワーク…

gcc4.6が必要になったので自分のホームフォルダ内でコンパイルできたら便利だなと思い、試してみました。ダウンロード先はいろいろと探すのが面倒でしたが、こちらミラーサイトでgcc-4.6.3.tar.gzをダウンロードしました。コンパイル方法は一般的なソフトと…

ネットワークから遮断されているマシンにpythonの構文チェックプラグインpep8を入れようとしたところ、いろんな依存ライブラリを1つずつ落とすハメになってしまったので、今後のためにメモ。pythonのプラグインをインストールするには、ダウンロードしてきて…

分子動力学計算ソフトウェアGromacsのバージョン4.6から、従来のconfigure&makeではなくて、cmakeのみの対応となったようです。ここに僕のやり方を残しておきます。 参考：GROMACS 4.6 Installation Guide Installation Instructions - GromacsGromacsダウン…

Gromacsをインストールする際にCMake 2.8が必要になったのでyumでインストールを試みましたが、Scientific Linux 6.3のリポジトリが古いのか、最新バージョンといわれてしまいました。 Package cmake-2.6.4-5.el6.x86_64 already installed and latest versi…