yumコマンドでインストールする際にものすごく遅い時があったので、国内サーバーに取得先を変更した。使用したのは北陸先端科学技術大(JAIST)のサーバー。めちゃ早くなった。 Index of /pub/Linux/scientificvi /etc/yum.repos.d/sl.repo [sl] name=Scientif…

pythonのプラグインをインストールする際にまず必要となるsetuptoolsをインストールする際にエラーが出てしまい、進めませんでした。setuptools 36.5.0 : Python Package Index [FAQ]PythonのDistributeのインストールに失敗する - 合同会社フィールドワーク…

gcc4.6が必要になったので自分のホームフォルダ内でコンパイルできたら便利だなと思い、試してみました。ダウンロード先はいろいろと探すのが面倒でしたが、こちらミラーサイトでgcc-4.6.3.tar.gzをダウンロードしました。コンパイル方法は一般的なソフトと…

ネットワークから遮断されているマシンにpythonの構文チェックプラグインpep8を入れようとしたところ、いろんな依存ライブラリを1つずつ落とすハメになってしまったので、今後のためにメモ。pythonのプラグインをインストールするには、ダウンロードしてきて…

分子動力学計算ソフトウェアGromacsのバージョン4.6から、従来のconfigure&makeではなくて、cmakeのみの対応となったようです。ここに僕のやり方を残しておきます。 参考：GROMACS 4.6 Installation Guide Installation Instructions - GromacsGromacsダウン…

Gromacsをインストールする際にCMake 2.8が必要になったのでyumでインストールを試みましたが、Scientific Linux 6.3のリポジトリが古いのか、最新バージョンといわれてしまいました。 Package cmake-2.6.4-5.el6.x86_64 already installed and latest versi…

超が付く基礎ですが、ついついど忘れして調べるはめになってしまうのでメモ。ソースコードのいる絶対パスを取得するにはos.pathを使います。 #!/usr/bin/python # -*- coding:utf-8 -*- from os import path print __file__ print path.abspath(__file__) pr…

シェルスクリプトで奇数遇数を判定しようと思って調べてみたがすぐには出てこなかったので、シンプルにやってみた。結局これが最善だと思う。 #!/bin/bash n=2 if [ `expr $n % 2` == 0 ]; then echo "Even" else echo "Odd" fi

NHKのポアンカレ予想とリーマン予想のYoutubeを見てなんとなくやってみたくなった。なんとかの篩(ふるい)っていうのは耳にしたことがあったので、まずはそれをやってる。以下のソースコードをeratosthenes.pyという名前で保存して、 python eratosthenes.py <max number></max>…

ふと思ったこと。既出かも。（こんなこと言って大丈夫かな…。）ARCHIVES | KAZUMA IEIRI - Part 3255「若い人は失うものが無いから強い」だとか、「若い人は失うものが無いからいいよねー」とか、これまで何度か言われてきたけどこれにはどういう意味がある…

MD計算の際に、水やエタノール等の溶媒ボックスの初期構造を作成するにはpackmolが便利です。 packmolはブラジルのJosé Mario Martínezらが作成した分子構造作成ソフトウェアです。Fortranで作られています。小さな分子をランダムに生成して均一溶媒のMD計算…

今度はintelコンパイラでインストールしてみます。ifortを付けるだけかと思いきやすんなりいかなかったのでログ。「Charmm37をGPUバージョンでインストールしてみた（コンパイルまでのエラーの対処法）」 http://d.hatena.ne.jp/leetmikeal/20130204GNUで通…

I wrote charmm 37 installation into GPU machine in Japanese. Installation was almost succeeded with some warning. But it's not completely work executable file such as PARAllel statement warning. I can write and read easy English also. If y…

life timeというのは生存時間と訳できる。つまりある一定の数値域に「どれくらいの長さ」居るかということを測ります。この解析結果は「どの数値域」かという定義に依存します。 # time value 0 3 1 2 2 3 3 1 4 0 5 1 6 4たとえばこういうデータがあったと…

簡単な解析はワンライナーでやっちゃおう。ということでまずは簡単に最小値と最大値と平均を求めるAwkワンライナーを書きます。たとえば以下のようなログファイルがあるとする。僕はいま、3列目の数値に対して統計値を出したいのだ。 0 0 147.086 0 10 141.2…

Graceをソースからインストールしてみました（バージョンは5.1.22）。Webサーバーやらいろいろ入ってるので基本的なライブラリは既に入ってるはずでしたがconfigureでエラーが発生。 configure:18181: error: M*tif has not been foundそういえばこのエラー…

ある解析値の時間変化を出して、それぞれをpasteコマンドやjoinコマンドを使ってつなげることがよくあります。しかし、その時間スケールがそれぞれの結果で合わないとき、たとえば、一方は1000行までしかないのにもう一方は2000行まである時があります。そこ…

原文：Gromacs Manuals - g_analysis 導入 g_analyzeはANCII形式のファイルを読み込んでその中のデータを解析します。入力ファイルに書かれた行の最初の列は"時間"の列として読み込みが開始され（-timeオプション参照）、その他の数値がデータ群として後に続…

Gromacs使っていても使っていなくても、g_analyzeが数値解析や統計に使えることがわかったのでこれからバンバン使っていこうと思いマニュアルを訳してみました。Gromacsのマニュアルは割りと充実しているので-hオプションを使ってヘルプを見れば大体のことが…

よくプログラミングの勉強を始めようとする人から、「まずどのプログラム言語を勉強したらいいの？」という声を良く聞くのですが、多くの人と同じように僕も独学でやみくもに勉強してきたクチなので、非常に答えづらい質問であります。「何をしたいかによる…

Pythonで最小値を求めるスクリプト。想定しているデータはこんな感じ。 0 2.87604 2.9828 3.19203 3.6073 3.90156 4.23807 4.24807 3.86984 3.51134 1 2.80487 2.90396 3.15443 3.5649 3.83633 4.19816 4.25518 3.88051 3.54163 2 2.78178 2.87611 3.13413 3…

Pythonは豊富な科学技術計算ライブラリが含まれています。その中の一つに相関係数を計算するものがあったので使ってみました。驚いたのは、処理が早いこと早いこと。10000組２変数の相関係数を一瞬で出してくれました。numpyモジュールの中のcorrcoefという…

分子動力学計算ソフトGromacsはグラフ作成ソフトGraceに対応しているので、エネルギーの結果などを以下のコマンドでGraceに投げると簡単にグラフを作成してくれます。Grace 公式サイト RedHat系ならyumで簡単にインストールできます。コマンドラインはgrace…